В 1984 г. по собственному желанию оставил преподавание, после чего совмещал послушание иподиакона архиепископа Иркутского и Читинского Ювеналия (Тарасова) и директора свечного завода Иркутского епархиального управления.

В 1985 г. в связи с переводом архиепископа Ювеналия на Курскую кафедру переехал в г. Курск, где нес послушание келейника архиепископа, а затем личного секретаря.

В сентябре 1985 г. поступил в Ленинградскую духовную семинарию, а в 1988 г. в Ленинградскую духовную академию.

В декабре 1989 г. по благословению митрополита Ленинградского и Новгородского Алексия (будущего Святейшего Патриарха Московского и всея Руси) направлен в Курскую епархию, где 30 марта 1990 г. был пострижен в монахи с именем Иоанн в честь митрополита Тобольского и всея Сибири Иоанна, чудотворца.

4 апреля 1990 г. был рукоположен в сан диакона, а 7 апреля — в сан пресвитера.

В июне 1990 г. назначен ректором возрождающегося Курского духовного училища и возведен в сан игумена, а в декабре 1991 г. в связи с преобразованием училища в духовную семинарию назначен ректором Курской духовной семинарии.

В 1993 г. возведен в сан архимандрита.

Решением Священного Синода от 22-23 февраля 1993 г. избран епископом Белгородским, викарием Курской епархии, с сохранением обязанностей ректора Курской духовной семинарии.

4 апреля 1993 г. хиротонисан во епископа Белгородского.

Решением Архиерейского Собора 1994 г. назначен председателем рабочей группы по планированию возрождения православной миссии на канонической территории Русской Православной Церкви.

Определением Священного Синода от 18 июля 1995 г. в связи с образованием Белгородской епархии был назначен епископом Белгородским и Старооскольским.

В декабре 1995 г. создал Миссионерский православный благотворительный фонд Русской Православной Церкви, в который в качестве учредителей вошли РАО «Газпром», банк «Кремлевский» и др.

Решением Священного Синода от 26 декабря 1995 г. назначен председателем новообразованного Синодального миссионерского отдела.

Решением Священного Синода от 26 декабря 1995 г. освобожден от должности ректора Курской духовной семинарии.

Решением Священного Синода от 17 июля 1996 г. назначен ректором новообразованной Белгородской духовной семинарии (с миссионерской направленностью) (был ректором до 2015 г.).

18 февраля 1999 г. возведен в сан архиепископа.

С 22 марта 2011 г. по 29 декабря 2021 г. — член Высшего Церковного Совета Русской Православной Церкви.

Решением Священного Синода от 7 июня 2012 г. (журнал № 49) назначен главой новообразованной Белгородской митрополии.

18 июля 2012 г. возведен в сан митрополита.

Решением Священного Синода от 26 июля 2012 г. (журнал № 79) утвержден в должности настоятеля (священноархимандрита) Свято-Троицкого Холковского мужского монастыря пос. Чернянка Белгородской обл.

С июня 2012 г. по ноябрь 2015 г. — временный управляющий Валуйской епархии.

Решением Священного Синода от 29 декабря 2021 г. (журнал № 102) освобожден от должности председателя Синодального миссионерского отдела и назначен руководителем Центра поддержки миссионерских станов.

Является действительным членом-академиком Петровской академии наук, Международной Кирилло-Мефодиевской академии славянского просвещения, а также почетным профессором Белгородского государственного университета.

Был настоятелем храма свт. Николая Мирликийского в Новой Слободе г. Москвы.

Образование:

1982 г. — Иркутский государственный университет.

1988 г. — Ленинградская духовная семинария.

1992 г. — Ленинградская духовная академия.

Место работы:

Белгородская митрополия

(Глава митрополии)

Место работы:

Центр поддержки миссионерских станов

(Руководитель)

Епархия:

Белгородская епархия

(Правящий архиерей)

Награды:

Церковные:

• 2008 г. — орден блгв. кн. Даниила Московского II ст.;
• 2010 г. — орден прп. Серафима Саровского II ст.;
• 2018 г. ― орден блгв. кн. Даниила Московского III ст.;
• 2019 г. — орден прп. Сергия Радонежского III ст.;
• 2023 г. — орден свт. Иннокентия Московского II ст.;
• орден прп. Сергия Радонежского II ст.;
• орден свт. Иннокентия Московского.

Светские:

• 2013 г. — государственный орден Украины «За заслуги» III ст.;
• 2013 г. — почетный профессор Белгородского государственного института искусств и культуры;
• государственный орден Дружбы;
• медаль «За заслуги перед землей Белгородской» I ст.;
• нагрудный знак коллегии главных редакторов региональных газет России «Четвертая власть. За заслуги перед прессой».